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Cy3-伯胺的水溶性較低,所以在水相的標記反應體系內需要使用有機共溶劑,常用有機溶劑包括DMF,DMSO和乙腈等。如需標記的分子對有機溶劑敏感,可選擇磺化花青素(sulfonated cyanine),即磺化-Cy3-伯胺。兩者的光譜性質幾乎一致,因此大部分應用可相互替換。兩者的主要區別在于:磺化染料是水溶性的,在水相的標記反應體系內不需要使用有機共溶劑,并且降低染料在水中聚集的可能性,增強標記效率。

Cy3 (Cyanine 3) 是一種發橘黃色熒光的花青素熒光染料。它的熒光很亮，并且對pH不敏感，一般可以用530nm-561nm的激光束激發然后用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的濾片觀察，所以在絕大部分熒光儀器上都可以使用。標記后，Cy3的背景熒光一般認為比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用來標記蛋白，抗體，多肽等，它最常見的使用是標記核酸分子（DNA和RNA）

中文名：花青素Cy3-氨基

CAS：2247688-56-6

外觀: red powder 

分子量: 627.73 

分子式: C36H52Cl2N4O 

溶解性: moderate solubility in water, good in polar organic solvents (DMF, DMSO, alcohols) 

質量控制: NMR 1H, HPLC-MS (95%) 

儲存條件: Storage: 24 months after receival at -20°C in the dark. Transportation: at room temperature for up to 3 weeks. Avoid prolonged exposure to light. Desiccate. 

結構式：

Sulfo-Cyanine3 azide

Sulfo-Cyanine3 carboxylic acid

Sulfo-Cyanine3 COOH

Sulfo-Cyanine5 ALK

Sulfo-Cyanine3 N3

Sulfo-Cyanine3 NH2

Sulfo-Cyanine3 NHS

Sulfo-Cyanine3 NHS ester

Sulfo-Cyanine3 SH

Sulfo-Cyanine3 Thiol

Sulfo-Cy3 羧酸

Sulfo-Cyanine5 amine

Sulfo-Cyanine5 azide

Sulfo-Cyanine5 carboxylic acid

Sulfo-Cyanine5 COOH

Sulfo-Cyanine5 hydrazide

Sulfo-Cyanine5 HZ

Sulfo-Cyanine5 MAL

Sulfo-Cyanine5 maleimide

Sulfo-Cyanine5 N3

Sulfo-Cyanine5 NH2

Sulfo-Cyanine5 NHS

Sulfo-Cyanine5 alkyne

Sulfo-Cyanine3 HZ